中医学辨证论治内容丰富，就针灸学科而言，其辨证论治有鲜明的特点，即不仅要辨病、辨证，更要辨经。要将八纲、脏腑、经络等辨证方法紧密结合，分析疾病的病因病机，归纳疾病的病位病性，即确定病位是在脏还是在腑，是在经还是在络，分析病性是属寒还是属热，是属虚还是属实，是属阴还是属阳，然后做出正确的诊断和治疗，使理、法、方、穴、术丝丝相扣，一线贯穿。只有如此，才能如《灵枢·官能》所言，“得邪所在，万刺不殆”。
一、辨病诊治
经络内连脏腑，外络肢节。从经络的角度看，疾病虽多，但大体可以分为在内的脏腑病和在外的经络肢节病。在针灸临床进行诊治时，即应首先将这两大类病分辨清楚，如果是脏腑病，则宜用脏腑辨证的方法为主辨其病在何脏何腑，如果是经络肢节病，则需用经络辨证的方法进行辨经定位。
脏腑病有其相同的用穴规律，如不论是何种脏腑病，都可以取其原穴、背俞穴和募穴进行治疗。如《灵枢·九针十二原》说：“凡此十二原者，主治五脏六腑之有疾也。”俞募穴也是治疗脏腑病较为常用的腧穴，根据“从阴引阳，从阳引阴”的原则，临床上六腑病多用募穴，五脏病多用背俞穴。此外，治疗六腑病最常用下合穴，如胃痛、胃痞、胃反、呕吐等都属于胃病，皆可用足三里，泄泻、便秘、肠痈等都属于大肠病，皆可用上巨虚。《灵枢·邪气脏腑病形》说的“合治内腑”就是指下合穴而言。概之，五脏病首取背俞穴或原穴，也常用募穴，可单独使用，也可以配合使用；六腑病首取下合穴或募穴，也常用背俞穴。而五脏六腑的急性病、则多取郄穴，如急性胃痛，可取胃经的郄穴梁丘，急性哮喘，可取肺经的郄穴孔最等。
如果脏腑病表现为明显的实证或虚证时，还可结合五输穴的生克补泻法选取相应的五输穴，如肝虚补曲泉，肝实泻行间等。
以肺为例，肺居胸中，为五脏六腑之华盖，主气，司呼吸，朝百脉，主治节，而且肺开窍于鼻，系于气管、咽喉，外合皮毛。若肺功能失常，则临床上多表现为咳嗽、哮喘、咯血、胸闷、胸痛等症状，治疗时可以选取肺俞、中府、太渊等为主穴，再随证加减。同时，由于内在脏腑与外在的官窍、形体通过经络密切联系，官窍、形体的病变可以说是脏腑病变的外在反应。所以在治疗上，除了取局部相应的穴位外，还可以取相应脏腑所属经的穴位。如肺开窍于鼻，外合皮毛，对于鼻塞、流涕、鼻衄等症状，我们可以取局部的穴位，同时加上肺经的穴位，如太渊、列缺、孔最等。
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